Τα πιο κύρια προβλήματα που έχουν παρουσιαστεί στις πρώτες μέρες λειτουργίας του ΓεΣΥ εντοπίζει το ΔΗΚΟ. Το κόμμα σημειώνει πως πρόκειται για «αναμενόμενα προβλήματα κατά την έναρξη εφαρμογής του ΓΕΣΥ», τα οποία όμως «πρέπει να επιλυθούν το συντομότερο δυνατό από τους αρμόδιους φορείς το συντομότερο δυνατό» ώστε «να παρέχονται υψηλής ποιότητας ιατρικές υπηρεσίες σε όλους τους ασθενείς.

Ξεκαθαρίζοντας ότι στηρίζει τη «συγκεκριμένη μεταρρύθμιση», το ΔΗΚΟ αναφέρει πως «μέχρι στιγμής τα κυριότερα προβλήματα που ο κόσμος καταγγέλλει σε σχέση με την εφαρμογή του ΓΕΣΥ είναι τα ακόλουθα:  

1. Διαπιστώνονται μεγάλες λίστες αναμονής ασθενών σε παθολόγους γιατί δεν υπάρχουν αρκετοί γιατροί για να εξυπηρετήσουν τους ασθενείς.
2. Οι περισσότερες ιδιωτικές κλινικές δεν προσφέρουν πρωτοβάθμια ιατρική φροντίδα εντός του ΓΕΣΥ.
3. Δεν υπάρχουν αρκετοί ειδικοί γιατροί. 
4. Το αποτέλεσμα των πιο πάνω προβλημάτων είναι πως ΔΕΝ έχουν μειωθεί οι λίστες αναμονής στα δημόσια νοσηλευτήρια. 
5. Κάποια βασικά φάρμακα δεν έχουν ενταχθεί στο ΓΕΣΥ.
6. Είναι τεράστιο το πρόβλημα γραφειοκρατίας που έχει δημιουργηθεί στα δημόσια νοσηλευτήρια με τους γιατρούς που δεν έχουν μπει ακόμη στο λογισμικό σύστημα.
7. Δεν υπάρχουν υπογραμμένες συμφωνίες των γιατρών του δημόσιου τομέα με τον ΟΑΥ.»