Ο Εθνικός Φορέας Φαρμάκων εξέδωσε περιορισμούς και περιπτώσεις στις οποίες αντενδείκνυται η χρήση της φαρμακευτικής κάνναβης. 

Σύμφωνα με το πόρισμα της Ειδικής Επιστημονικής Επιτροπής Τελικών Προϊόντων Φαρμακευτικής Κάνναβης του Εθνικού Οργανισμού Φαρμάκου, «η συνταγογράφηση του Τελικού Προϊόντος Φαρμακευτικής Κάνναβης δεν μπορεί σε καμία περίπτωση να αποτελεί θεραπεία πρώτης επιλογής», ενώ οι κατηγορίες ασθενειών για τις οποίες μπορεί αυτή να χορηγείται είναι, οι παρακάτω τρεις:

1. Πρόληψη και αντιμετώπιση ναυτίας ή/και εμέτων, από τη χορήγηση χημειοθεραπευτικών φαρμάκων.
2. Νευροπαθητικός πόνος, καρκινικός πόνος, επιμένων άνω των τριών μηνών, ο οποίος δεν ανταποκρίνεται σε άλλα θεραπευτικά σχήματα ή παρεμβάσεις ή όταν τα διαθέσιμα για την αντιμετώπισή του θεραπευτικά σχήματα δεν γίνονται καλά ανεκτά ή αντενδείκνυνται για τον συγκεκριμένο ασθενή.
3. Σπαστικότητα και πόνος σε ασθενείς με Σκλήρυνση Κατά Πλάκας.

Ωστόσο, ξεκαθαρίζεται ότι πριν από την συνταγογράφηση, θα πρέπει πρώτα να αποκλείονται οι άλλες θεραπευτικές επιλογές, είτε λόγω μη αποτελεσματικότητας είτε λόγω αντένδειξης στον εκάστοτε ασθενή. Επίσης, ο ΕΟΦ διευκρινίζει ότι η χορήγηση προϊόντων φαρμακευτικής κάνναβης αντενδείκνυται σε παιδιά και έφηβους και ότι η χορήγηση σε ηλικιωμένους ασθενείς πρέπει να γίνεται με προσοχή. Σύμφωνα με τον Οργανισμό, απαγορεύεται η λήψη αλκοόλ κατά τη διάρκεια θεραπείας με κάποιο προϊόν φαρμακευτικής κάνναβης.

Τέλος, απαγορεύεται η χρήση αυτών των προϊόντων από γυναίκες που είναι έγκυες ή θηλάζουν, όπως και από γυναίκες που σκοπεύουν να μείνουν έγκυες. Μάλιστα, ο ΕΟΦ συνιστά να λαμβάνονται μέτρα αντισύλληψης κατά τη διάρκεια της θεραπείας και για 3 μήνες μετά τη διακοπή της.